На днях мы столкнулись с таким случаем: ИП при совмещенном режиме УСН + ЕНВД подали декларацию за 4 квартал 2017г в налоговую по месту регистрации налогоплательщика, хотя должны были сдать в другую ИФНС, т.к. место ведения предпринимательской деятельности (т.е. магазин) находится в другом районе города. Оплатили налог правильно, по месту ведения деятельности ЕНВД. Как дальше поступить, чтобы не сняли повторно денежные средства со счета в адрес основной налоговой и не выставили штраф в налоговом органе по месту ведения деятельности по ЕНВД?

В данном случае можно отправить уточненную — нулевую декларацию по ЕНВД в основную налоговую (куда подали ошибочно) и + пояснения к такой декларации, что предыдущая декларация была подана по ошибке.
В налоговую по месту ведения деятельности ЕНВД необходимо отправить декларацию + пояснения, что ошибочно направили отчет не в ту инспекцию и приложить к пояснениям копию сданной в срок декларации с отметкой налогового органа о принятии.
И тогда штрафов и недоимок можно избежать.