НДФЛ за сотрудников, занятых в деятельности при УСН, нужно платить по месту регистрации предпринимателя. То есть по месту жительства.

По месту осуществления деятельности предприниматель должен уплачивать НДФЛ только в случае, если он ведет бизнес на ЕНВД или патентной системе налогообложения.

Обоснование.

НДФЛ платит предприниматель. ИП перечисляют налог в инспекцию по месту своего жительства. Предприниматели, которые ведут бизнес на ЕНВД или патентной системе налогообложения, перечисляют налог в инспекцию, где они стоят на учете в связи с ведением такой деятельности. Об этом сказано в абзацах 1 и 4 пункта 7 статьи 226 НК.

Если предприниматель совмещает упрощенку с ЕНВД, НДФЛ с зарплаты наемных сотрудников нужно перечислять в разные налоговые инспекции. С зарплаты сотрудников, занятых в деятельности на УСН, налог перечисляйте по местожительству предпринимателя. А с доходов сотрудников, занятых в бизнесе на ЕНВД, – по месту такой деятельности.

Если же сотрудник одновременно занят в обоих видах деятельности, налог с его зарплаты нужно распределить. Часть налога, которая относится к доходам от деятельности на УСН, перечисляйте в инспекцию по местожительству предпринимателя. А налог с доходов в части бизнеса на ЕНВД – в инспекцию по месту деятельности. Такие разъяснения приводятся в письме ФНС от 25.02.2016 № БС-3-11/763.